به موجب آیین­ نامه ساماندهی و تشکیلات پژوهشگاه و شرح وظايفي كه براي مديريت امور پژوهشي تعريف شده است، مهمترين وظيفۀ مديريت امور پژوهشي، كنترل، مديريت، راهبري و هدايت جريان پژوهشي در پژوهشگاه است. بنابراين اصلي­ترين مأموريت مديريت پژوهشي بررسي و كنترل طرح‌هاي پژوهشي پژوهشگاه است كه يا به  صورت مستقيم  از جانب افراد حقيقي و موسسات حقوقي، يا از طرف استان‌ها به صورت غيرمستقيم و به واسطه پژوهشكده‌ها به مديريت امور پژوهشي پيشنهاد مي‌گردد.